Actualmente la edificación del convento está en ruinas. Fue declarado Monumento Nacional según Resolución publicada en Gaceta Oficial N° 26.320 de fecha 02 de Agosto de 1960. Está ubicado al sur del Centro Histórico de la ciudad de Cumaná, frente a la actual plaza Badaracco (Plaza Ribero), a los márgenes del río Manzanares.

Su importancia histórica radica en ser el primer centro religioso fundado por los españoles en tierra firme, constituyendo así un avance en el propósito de la evangelización pacífica en el continente americano. Su origen se remonto a comienzos del siglo XVI cuando se creó el primer edificio, destruido posteriormente por los indígenas exacerbados por los maltratos causados por los conquistadores.

Luego en 1638, se autorizó la refundación del convento, que se llevó a cabo después de la segunda mitad del siglo XVII, cuando se levantaron nuevas estructuras. Probablemente el conjunto original comprendía la iglesia y el claustro, al que luego se adosó, en 1780, la capilla de los Terciarios. A finales del siglo XVIII se edificó una nueva iglesia sobre la existente, bajo la dirección de fray Marcelino Reinada. La capilla de los terciarios, afectada por los temblores de 1797 y 1802, se demolió en 1804, hecho que acompañó el proceso de reconstrucción del convento, realizado con la finalidad de hacerlo más resistente a los frecuentes temblores.

En 1812 una ley emanada del Congreso de Cúcuta suprimió los conventos que no contaran por los menos con 8 religiosos de misa, para entonces destinar sus edificios y rentas a la fundación de Colegios Nacionales.

A partir de la promulgación de esta ley, el Convento de San Francisco se convirtió en Colegio Nacional de Cumaná en 1835, el primer instituto de educación secundaria de la región.

En 1853 un terremoto dejó inservible la edificación, y en 1881 se expidió un decreto que autorizaba la venta de las propiedades de los Colegios Federales. Los restos de la edificación del Convento de San Francisco fueron destinados, a principio del siglo XX, a alojar una fábrica de jabón. Se construyeron nuevas dependencias y se mantuvieron restos de una de las fachadas del convento.

En 1945 la construcción de la carretera que comunica Cumaná con el valle de Cumanacoa afectó el terreno del convento, modificó la relación natural de la construcción con el río Manzanares.